Первичным индексом такой таблицы должен быть составной ("ид_тега", "ид_публикации"). Тогда для внешнего ключа к таблице тэгов индекс уже будет (начало составного индекса), а к таблице публикаций индекс создастся автоматически при создании внешнего ключа.
WHERE ИмяТега = какая-то_строка