Все гениальное — просто. Нашел workaround сам. Надеюсь, кому-нибудь поможет. Хотя было бы клевей, если бы гугль сам наконец почесался и зафиксил проблему.
#du -sh appengine-api-1.0-sdk-1.5.3.jar
18M appengine-api-1.0-sdk-1.5.3.jar
#jar -xf appengine-api-1.0-sdk-1.5.3.jar
#jar -cf appengine-api-1.0-sdk-1.5.3-repacked.jar com/ javax/ META-INF/ org/
#du -sh appengine-api-1.0-sdk-1.5.3-repacked.jar
6.1M appengine-api-1.0-sdk-1.5.3-repacked.jar