1. Советую почитать handbook по freebsd, есть на русском языке. Есть соглашение о расположении файлов. бинарники — там-то, исходники — там-то, документация там-то, и, соответственно, следовать общепринятым принципам файловой организации.
2. Так же есть, к примеру, официальное руководство по созданию портов
www.freebsd.org/doc/ru/books/porters-handbook/ 