Через сервер очередей, RabbitMQ например.
Создать в нём 2 очереди, от АПИ к чатботу, и от чатбота к АПИ. В инстансах приложений слушать соответствующие очереди, и выполнять приходящие в них задачи. И отправлять сообщения во вторую очередь, когда надо передать второй части системы какое-то задание.