В чистой Node.js при использование ESM нужно обязательно указывать расширение в связи с следованием спецификации. Если хочется использовать ESM, но не зависеть от чистой Node.js, нужно использовать один из нескольких вариантов:
Естественно, для объединения таблиц используются JOIN-ы. Пример кода.
SELECT entries.id, entries.word, GROUP_CONCAT(readings.reading) AS readings, GROUP_CONCAT(meanings.meaning) AS meanings
FROM entries
LEFT JOIN readings ON entries.id=readings.id
LEFT JOIN meanings ON entries.id=meanings.id
В синтаксисе мог допустить небольшие ошибки: запрос не проверял. Но в общем и целом, он будет выглядеть примерно так.