smartly

В дебиане после установки ядра инсталер спрашивает, какие драйвера использовать для initrd. Все или некоторые. Попробуйте ответить «все».
Но вообще похоже, что не видит самих винтов, а не LVM на нём.

> Cpu0: 0.5%us, 13.0%sy, 0.0%ni, 77.3%id, 0.0%wa, 0.0%hi, 9.2%si, 0.0%st
> Cpu1: 0.0%us, 7.8%sy, 0.0%ni, 87.4%id, 0.0%wa, 0.0%hi, 4.9%si, 0.0%st
> Cpu2: 0.0%us, 0.0%sy, 0.0%ni,100.0%id, 0.0%wa, 0.0%hi, 0.0%si, 0.0%st
> Cpu3: 0.5%us, 0.0%sy, 0.0%ni, 99.5%id, 0.0%wa, 0.0%hi, 0.0%si, 0.0%st

проверьте irqbalance

Хе. selinux и NetworkManager это такие необычные сущности, что проще отключить, чем побороть.

если файловая система extN — то ещё проверить immutable через lsattr