sllrod

И опять сам спросил, сам отвечаю...)) При загрузке сервера вероятно не были настроены DNS и это вызвало проблемы при старте некоторых сервисов Xen.

В общем, достаточно было перезагрузиться. Facepalm...

В корне оставалось 300Мб (то есть только резерв рута). Вероятно ошибка была связана с этим, поэтому
когда переместил с корневого раздела часть некритичных файлов, никак не связанных с системой и освободил приличное количество места, atop вновь заработал.

Увы, вопрос задан по запарке.
И ответ: так просто, как хотелось бы, md на уровне xen организовать не получится. Можно если только извратиться, подключив два образа и организовать между ними md заново (но это не то, что требовалось изначально).