1. LTS оставте серверам, на рабочем лучше обычные. Получите более современный набор софта, когда придет время всё это несложно обновить.
2. Linux одно ядро, требования идут к софту и графической оболочке. KDE, Gnome обычно для более производительных систем, Lxde, Xfce для менее производительных, отъедают меньше памяти.
3. Программы при установке ставятся на основной раздел. Можно сделать отдельным разделом любую папку, часто делают отдельно домашние папки /home и под логи - /var/log. Если совсем приспичит, монтируйте виндовый раздел для своих файлов.
