Enterprise developer program как ИП?

Лучше договориться со знакомым ООО и от их имени зарегистрироваться, если свое ООО не хотите открывать.

Как получить apple distribution certificate без наличия ООО?

Из Xcode через кабель.

Дистанционное удаление почты и сетевых настроек на ios?

Согласен. Нужно MDM-решение. Платное или бесплатное (Apple Profile Manager, какаариант)

Легальные способы идентификации ios устройств?

Можно использовать рекламный идентификатор устройства