Работать, насколько я знаю, прийдется только локально.
Можно включить Tools->Deployment->Automatic Upload
И там же в Options есть полезная настройка «Warn when uploading over newer file»
Также имейте ввиду, что открывая файл из окна Remote Host, все равно, открывается локальная копия, которая может быть неактуальна. Я от этого по-началу пару раз пострадал.
Есть еще вариант, если работаете в линуксе, подключить ftp папку как локальную и работать в ней.
Но в этом случае phpStorm «напачкает» на ftp своими скрытыми файлами, так что такой вариант рекомендовать не могу.