gpedit.msc — Конфигурация пользователя — Административные шаблоны — Компоненты Windows — Диспетчер вложений — Список исключений для типов файлов с низким риском — Включить.
Добавить нужные расширения в поле снизу, например:
Никак не бороться. У них в правилах сказано, что у торрентов низкий приоритет, и такой трафик они пропускают не в первую очередь, дабы не ущемлять других клиентов на той же БС.
Так проблема не в том, что во время синхронизации что-то изменяется, а в том, что один из вариантов так или иначе накатится на второй, даже если половина файлов уже была удалена.