Я бы не стал рассчитывать на какую-либо конфиденциальность. Скайп уже заявлял, что хранит у себя на серверах историю переписки специально для предоставления «по запросу». Насколько я понял, право на запрос имеют лишь гос-органы.
Сам траффик, при этом, остаётся зашифрованным (и по прежнему p2p с супернодами), так что получение просто сторонним человеком Вашего аудиосигнала мне преставляется маловероятным событием. Хотя да, я слышал, что в некоторых случаях дешифровка возможна.
Для себя сделал вывод: текст по скайпу — не безопасно, разговоры — более-менее безопасно.