Вот вам отличный пример:
guide.yii2.org-info.by/guide-ru-tutorial-advanced-...backend - веб приложение администраторской части. (это админка)
common - общие файлы для всех приложений. (общее для всех)
frontend - веб приложение пользователя. (это сам сайт)
Вместо вспомогательного класса можно использовать готовый фреймворк, где таких классов уйма =)
И подключать вы их будете, используя пространства имен, вдобавок, только те, которые нужны в конкретном контроллере или модели.
Советую ознакомиться вам с различными фреймворками / админками, посмотреть как сделали они и сделать все еще лучше :)
Ну и вот популярные фреймворки для ознакомления:
- Yii2
- Laravel
- Symphony
- Zend framework