Форматировать флешку в NTFS и запретить всем группам кроме Owner писать на флешку. Плюсы — зараза сама не запишется на другом компьютере. Минусы — ничего полезного не записать с другого компьютера без манипуляции с правами доступа, которые будут доступны только локальному администратору.
