Vagrant использует для конфига файл Vagrantfile. И ищет его в текущей директории. Я на своем проекте просто разворачивал несколько Vagrantfile-ов в разных директориях. Например ./deployment/Vagrantfile - для тестирования деплоймента, а ./Vagrantfile для разарботки. В таком случае, для управления деплоймент боксом Вам нужно находиться в папке ./deployment/
