Стили внутри head, скрипты по возможности в конце body.
Объясню, почему: стили нам нужно загрузить раньше, чем весь остальной DOM, чтобы сразу отобразить все элементы правильно.
А скрипты не дают загрузиться остальным элементам страницы, пока не загрузятся сами. Если браузер натыкается на скрипт, он прекращает загрузку DOM до тех пор, пока не выполнит скрипт. Поэтому скрипты по возможности лучше засовывать вниз — тогда страница отобразится на экране раньше, визуально загрузка будет быстрее.
Никакого "в среднем" нет, файлов должно быть как можно меньше. Меньше файлов — меньше запросов к серверу. Поэтому стоит использовать или какой-нибудь упаковщик стилей-скриптов, который их минимизирует и сливает в один файл, или AMD-загрузчик, вроде RequireJS или чего-то такого.
jQuery тоже лучше подключать внизу, по описанным мною выше причинам. Но тогда нельзя будет писать всякие onClick="$('.blablabla').hide()", как многие часто делают. Впрочем, так всё равно лучше не делать.
