В данном случае получилось следующее решение: в конфиг-файле сайта nginx из правила location ~* убрать php обработчик. location ~* было с аутентификацией:
location ~* {
auth_basic "Admin";
auth_basic_user_file /web/sites/.htpasswd;
fastcgi_pass unix:/tmp/php-fpm.sock;
fastcgi_index index.php;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /web/sites$fastcgi_script_name;
include fastcgi_params;
}
Стало
location ~* {
auth_basic "Admin";
auth_basic_user_file /web/sites/.htpasswd;
}
Осталась аутентификация, а php обработчик - ушёл в другие секции и теперь mime.types отрабатывает как нужно и nginx отдает корректно text/css в обеих версиях phpMyAdmin. Всем спасибо за участие!