В общем, как тут кто-то уже ответ давал, проблему частично удалось решить прописав multiprocessing.freeze_support(), после if __name__ == __main__.
Код после сборки pyinstaller`ом заработал как надо, вот только значение системной переменной в подпроцессе так и осталось __name__ = __main__
