Виктор Таран

тебе не нужен субдомен, тебе нужен алиас. он есть в настройках, сайта, просто через пробел укажи нужный тебе доменные имена .
www это точно-тоже самое что ты хочеш, это тоже домен 3 уровня.

1. создай нужный тебе домен 3 уровня в редакторе ДНС
2. укажи алиас на основном сайте.

ServerName test1.loc
  ServerAlias test2.loc www.test2.loc www.test1.loc

разница в том что это совершенно разные проекты, общее между ними только html
все остально еразное
apache старый
nginx поновее и в нем меньше обратной совместимости да и собран он уже со знанием что есть биг дата и тд.
В общем он посвежее и побыстрее работать будет
В nginx php интерпретируется сторонним демоном, это как правило php-fpm
В апчье есть mod_apache - являсь модулем апача он работает быстрей лучше получает коды завершения и тд, но слишком сатрый и плохо параллелится маштабируется и с правами там трабылы, НО он самый частый до сих пор.
Есть и дургие представления пхп FastCGI CGI PHP-FPM и тд. в общем для апача есть все
nginx в свою очередь молодой и не все на нем работает сразу, поскольку большенство движков cms созданы под апачь, и требуется переписать htccess на правила nginx.

nginx часто используют в связке с апачем как прокси сервер.
статику отдает nginx динамику апач.
так же nginx отлично балансирует бэк сервера в такой конфигурации да и собственный upstream есть , в общем при большом количестве серверов с ним лучше работать.
ну есть nginx+ даже облачный есть.

для изучения поставь связку nginx+apache+php-fpm
это достаточно современная связка и заодно выучишь и то и то.
А еще лучше поставь что-то вроде vestacp с таим расширение тут уже будет все нормально настроено и можно будет смело приходить к стадии изучения.

ну думаю вам нужно не выдумывать велосипед и поставить веб морду дабы они ставятся в 1 клик и все работает.
самый простой вариант
vestacp - ставится в 1 клик веб морда все умеет
braynicp - очень много умеет но требует реальных знаний ибо интерфейс так себе тоже ставится в 1 клик
ispconfig3 - отлинчный интерфейс богатый функционал ствится по манам да еще и сверху нжно накручивать nginx+apache для обучения само то да и юзаить приятнее всего но требует времени на установку.
bitrixVM ставится в 1 клик консольная (псевдографическая) админка. ( нет ДНС сервера но он я так понимаю вам и не особо нужен) ( только центос 7)
ZPanel - не ставил
Все опенсорс ставится легко, нет смысла вам ковырять конфиги на таком уровне знаний.

гы щя разметаю
ответ никак

тут все просто
Поскольку весь интернет это один большой костыль на костыле костылем погоянющий
мы имеем в свое время небыло идеи в tcp/ip иметь что-то кроме цифр
когда встал вопрос RFC уже был написан
так что мы получили службу днс как костыль к буквенным айпишникам.
Теперь когда встал вопрос о конечности IPv4 да и даже немного до этого в апаче встал воопрос как повешатьдва сайта на один порт и айпи
что естественно не соответствует RFC или порт или айпи
собственно нашлось отличное решение, апачь разбирает ТВОЙ http reffery (от браузера клиента) выбирает из него домен и на основание этого подставляет нужный тебе конфиг в соответствие с ServerName
но потом появился еще один костыль SSL
который занимает свой порт, теперь барабанная дробь.....

Ты открыл порт 443 и повешал на него 1 сайт
НО айпи открыт Порт открыт и это апач
По какой причине при обращение по 2 домену он должен его послать в лес ?
Как ты думаш по SSL что вначале? Gередача данных по каналу или ключь от него?
правильно ключ.
Следоватлеьно веб сервер физически не может знать послать ли тебя лесом или нет ибо рефери твой он не может забрать без ключа а ключа нет пока нет рефера.

По этому
как только у тебя на сервере появляется 1 сайт с ssl
все остальные сайты тоже получают ssl
Но ты скажешь я же не дал им ключа. Да только он не может по этому каналу ни байта информации получить включая че за сайт.
И тут веб сервер делает ооооочень логичное решение.
Он берет Ближайший ключ, ближайший по буквам например 000-default.conf
берет эти ключи и вставляет их всем сайтам к которым он ключи не смог найти сразу-же.
Вот такая логика брат.

Что делать
отключить ссл на 1 из сайтов физически не возможно
Можно сделать следующее
1 сертификат по сортировке имени должен быть дефолтным.
и в дефолтном конфиге должно отдаваться код 400 на все запросы.

не забудь поставить галочку что решено.

chown -R www-data:www-data /var/www/site.ru
но лучше всего делать следующий вариант
запускать для каждого сайта апачь под своими юзерами
тут все зависит от мода представления пхп

вы смотрите с точки зрения RFC TCP\IP
не учитывая что это RFC разработано 60 лет назад и в мире сейчас костыль на костыле костылем погоняет
С вашей точки зрения демон может отдать или на порт или на айпи
но вы забыли про костыли ;)
И так
демон на одном порту он слушает ваш http referrer ( по сути спрашивает хост у вашего браузера на который вы зашли)
роется в свих конфигах, ищет нужное знчение
и подставляет этот конфиг.
Это справедливо для всех сайтов кроме того когда он один, в таком случае он работает от "дефолта" то есть что то вроде мусорки по этому на него можно зайти как по айпи так и по любому доменному имени.
Остальные сайты работают по принципу
явно обьявленные домены в приоритете, если нет то отрабатывает дефолтный конфиг.
Таким нехитрымм образом можно повешать любое количество сайтов на один айпи и тот же порт.

Далее же маршрутизацией какой контент показать может быть на любом этпе
прокся в веб сервере например nginx может иметь отдельные локейшины вплоть до геолокации и тд.
или апачь то же самое mod_proxy
в апаче можно через mod_rewrite + чпу сайта там вообще можно накрутить че хочеш.
в общем дальше механизмы могут уже быть разные