Виктор Таран

wget $(cat ru.txt)
а так ?

listen 80 default_server; че это ?

sudo useradd -o -u 0 -g 0 -s /bin/bash newroot

Если вы связываете себя с веб то линукс вам доктор прописал.
А вот если NET то мне кажется какраз виндовс

у вас три файла
1. общий который для неразобраных запросов по сути это мусорка, первый сайт на обычно висит на нем, но это неправильно поскольку это какраз таки ВСЕ домены то есть именно то что ведет здрасти вы на сервере.
2. У вас два конфиа в которых прописаны явно хосты и в одном из них указан прокси, а во второ FPM
3. У вас ssl выданы для каждого сайта, нельзя выдать ssl одному сайту ( специйфика подключения по SSL) если он есть хоть у одного сайта он появляется и у остальных. НО это отдельная тем.
И так
1. Удалите дефолтный конфиг он вам не нужен
2. удалите дефолтный для ssl поскольку он будет только мешать
3. выдайте клюии на каждый сайт
4. Укажите проксми в одном файле
5. Укажите FPM в другом файле
6. если у вас конфиги для ssl вынесены в отдельные файлы
например
site1.ru_ssl.conf - то в них тоже измените все настройки.
И все у вас будет работать

Вот пример

find /home/bitrix/ext_www/shop.wildorchid.ru/ -regex ".*\.\(jpg\|jpeg\|gif\|png\|JPG\|JPEG\|GIF\|PNG\)" -print0 | xargs -0 cp --parents --target-directory ./tmp/backup

Все что вам нужно добавить -mmin или -mtime
создаст все каталоги по дороге

используй формта svg
1. он читаемый как html, в добавок еще и CSS поддерживает и разобраться с ним будет не изи а просто совсем изи.
2. он растрово векторный
3. он поддерживается всеми браузерами.
4. он очень мало весит
5. имеет возможность прозрачности
6. может быть адаптивен.
7. можешь даже нарисовать что тебе нужно, и потом уже в коде заменить на переменные.
https://svg-edit.github.io/svgedit/releases/latest...
8. поддерживает как шрифты так и отдельные буквы.

find -type f /var/www/site/dir- массив файлов, кстати ты не сказал нужно ли удалять каталоги в которых 0 файлов
-exec выполнить команду
grep -v "*\.txt$" | rm -fv {} исключить из массива все что на текст в конце , ну и удалить
собственно одна строчка дальше уже сам придуаешьшь
Если не осилишь пиши

SUID, SGID

Как решить проблему со входом MySQL?

нет не решит проблему php-fpm даст вам ну 20% скорости но никак не решит проблему.
а вот если у вас 5.6 то переход на 7.2 даст вам реально 100% к скорости и реальное снижение нагрузки.
Как вариант снижения запускайте их последоватлеьно

MEM=$(free -m | sed -n 2p | awk '{print $4}')
echo $MEM

нет под рукой csync2
но молгу дать общую логику для самого простого мониторинга

*/1 * * * * /etc/init.d/php5.3-fpm status  | grep -oq "Active: failed" && /etc/init.d/php5.6-fpm restart

Пример сразу для крона
как мы видим сморим статус демона, в ответе ищем слово Active: failed
&& - Если истина то выполнить команду
У цсинка может быть немного по другому но по сути
вам нужно
1. определить критерий краша.
2. на основание этого краша сделать рестарт демона.
3. можно использовать сторонние мониторинг там zabbix но я думаю у вас нет такого объема.

1. конкретная задача что именно ты пытаешя сделать
какой язык движок софтина че делаешь. возможно есть решение не через то что ты предложил к примеру
с виду это одна ифка в софтинке
так что говори что именно делаеш и почему именно так

service httpd restart или service apache2 restart в зависимости от версии линукс
service nginx restart
reboot илиshutdown -r NOW

просто баш скрипт несколько строк и все
1 заходиш в бд делаеш сшоу тейбл
2 закидываеш массив и массивом дампиш бд
3 создаеш архивы
4. заливаеш на внешний сервер
все
какие вам нужны еще прграмы, тут кода на 3 строки

пол linux на питоне написано

по какому критерию фильтруются?
по какому критерию создаются каталоги?
архив не архив?
соответственно find | xargs по 200 , цикл +1 к имени каталога mkdir

iotop -oka и смотри во время загрузки