В общем вопрос решился, так же случайно как и возник.
Весь механизм возникновения ошибки мне остался не ясен.
Проблема исчезла, после выключения той машины диск которой я копировал. Отмечу, что изначально диск копировал при выключенной машине.
В итоге ESXi мне просто дал скопировать vmdk в папку где уже лежал -flat.vmdk. хотя до этого как и писал я раньше, мне это не удавалось.