Разные типы компаний строятся по-разному:
1) вертикально - делегирование сверху вниз, классика
2) горизонтально - valve, круги холократии в zappos, airbnb
И много других интересных вещей.
Я не эксперт, но имхо, архитектура компании очень часто повторяет видение основателей компании и отражает в себе цели компании, а так же отражается в продуктах компании.