Проще всего здесь использовать миграции (хотя поначалу мне это казалось громоздким, но в итоге очень удобно).
внесли изменения в schema.yml
./symfony doctrine:generate-migrations-diff — создали скрипты для изменения таблиц (конкретно тут — скрипты строятся на основе разницы между имеющимися моделями и базой)
./symfony doctrine:migrate — применили изменения в базе
./symfony doctrine:build-model — сгенерировали модель по schema.yml
