Посмотри вот здесь:
Записки дебианщика.
Идея такая: задаём уравнение прямой в общем виде и аппроксимируем его используя известные точки. Поскольку точек всего две, прямая гарантированно пройдёт через них.
Скрипт будет примерно такой:
f1(x)=(a*x)+b
f2(x)=(c*x)+d
fit f1(x) "data.txt" using 2:1 via a,b
fit f2(x) "data.txt" using 4:3 via c,d
plot f1(x) with line linestyle 1, f2(x) with line linestyle 2
