Super User

Во первых exports не рекомендуется использовать, лучше:
module.exports
Во вторых достаточно написать:

var config = {...};
module.exports = config;

Тогда не придется писать эту лажу:
var config = require('../config').config;

Почитайте про namespace здесь. Официальная документация говорит, что namespace на самом деле не нужны, когда код распределен по модулям.
Поэтому просто используйте export в модулях и import в файлах, использующих эти модули.

/* src/Animal.ts */
export default Animal {
    constructor(){}
}

/* src/Cat.ts */
import Animal from './Animal';
export default Cat extends Animal {
    constructor(){
        super();
    }
}

/* index.ts */
import  Cat from 'src/Cat';
let kitty = new Cat();