Сергей Козлов

Посмотрите динамические роутеры: https://github.com/rackt/react-router/blob/latest/...
И динамическую загрузку в webpack https://webpack.github.io/docs/code-splitting.html

По нажатию на "сендвич" у блока с меню начинается анимация, а после нее добавляется класс in. Чтобы по нажатию спрятать меню, достаточно забрать класс, дальнейшая работа с меню будет корректной.
$('#navbar-collapse').removeClass('in');
Касательно padding-top: 50px;
Либо создаем якорь выше, чтобы он прятался под меню, а нужное нам было на 50px ниже. Либо через js

<a href="#anchor" class="toAnchor">ссылка для перехода</a>
.........
<a id="anchor">якорь</a>

$('.toAnchor').on('click', function () {
  $a = $($(this).attr('href'));
  $('html,body').animate({ scrollTop: $a.offset().top - 50}, 500);
  return false;
});