Александр! Большое человеческое спасибо! Удалось решить обе проблемы. Правда, я как ламер, сначала подумал, что нужно просто вставить код и всё будет работать ) Оказалось, что нужно всё-таки понимать, что делаешь ) В первом случае удаление класса нужно делать именно по нажатию на пункт меню, а фрагмент кода не содержит обработки нажатия ) А во втором случае - опечатка: вместо точки '.' в коде стоит шарп '#'. Дополнив и исправив, получил работающий код, решающий сразу обе проблемы. Ещё раз большое спасибо!

<script> 
        $('.toAnchor').on('click', function () {
           $('.navbar-collapse').removeClass('in');
           $a = $($(this).attr('href'));
           $('html,body').animate({ scrollTop: $a.offset().top - 50}, 500);
         return false;
         });
   </script>