Почему git rebase удаляет файлы?

cester,

значит та что запушена?

Да, именно это и значит

Как он может продолжится если мои файли пропадают?

Очень просто. Еще раз, в процессе rebase гит практически выполняет переход в ветку master (в вашем случае), в которой нужных файлов еще нет. А потом начинает применять коммиты по одному. И в каком-то коммите приедет нужный вам файл. Если не будет конфликтов, то этот процесс пройдет прозрачно, и вы не увидите промежуточных коммитов. Но так как конфликты есть, гиту нужна ваша помощь, чтобы их разрешить.