Прежде всего, Jetty вы зря поставили в один ряд с Netty. Совсем разного поля ягоды. Jetty - это web-контейнер. Netty - фреймворк для разработки асинхронных приложений. Jetty используется, когда нужен маленький и простой web-контейнер. Часто как встроенный web-сервер. Netty в основном для разработки восокопроизводительных серверов. Причём необязательно web-серверов.
Если же сравнивать Jetty и Tomcat, они полностью взаимозаменяемы. Обычно, Jetty используют для самостоятельных приложений, упакованных в один jar-файл. А Tomcat тогда, когда вам нужно обслуживать несколько десятков приложений, упакованных в war-файлы. Но можно и наоборот.
