Вышел на этот вопрос из гугла с такой же проблемой. Насколько я понимаю, это все происходит под Windows?
Там был баг в phpUnit, виндовые имена файлов неправильно строились, поэтому при проверке исключений файлы самого phpUnit попадали в трейс, хотя должны пропускаться. Я поправил, потом увидел, что в последних версиях этот баг закрыли, так что достаточно обновиться.