Просто не обращайте внимания на эти ошибки в Гугле, это ни на что не влияет. Тем более, что этот инструмент уже и скрыли от туда.
Для Яндекса этот Clean-param очень нужный инструмент. Реально помогает очистить индекс от мусора.
1. Как я делаю на тех проектах, где это актуально: отдельная директаива для Яндекдса, отдельная для Гугла.
И да, не на всех проектах это бывает нужно. Если проект не очень большой.
2. Иногда бывает достаточно только одной директивы Disallow, она валидна для всех ПС.
