Первый вариант работает, меню скрывается скролл работает. Возможно проблема с jQuery. Попробуйте переписать проверку загрузки страницы на чистом js, например
window.onload = function() {
alert( 'Документ и все ресурсы загружены' );
};
А код с jQuery запускайте внутри этой функции.