Проблема была в коде, с помощью которого я пропускал корзину и сразу переходил к оплате. Код переадресовывал пользователя с корзины на страницу оплаты, в свою очередь, страница оплаты не открывается, если корзину пуста (после удаления товара) и переадресовывает на страницу корзины и так по кругу.
Решения я нашел 2, или удалять код переадресации, или отменить переадресацию со страницы оплаты, если корзина пуста. Я сделал с помощью такого кода
add_filter( 'woocommerce_checkout_redirect_empty_cart', '__return_false' );
add_filter( 'woocommerce_checkout_update_order_review_expired', '__return_false' );