Некоторые директории из 1.1 отсутствуют. Стоит отметить components, extensions, messages и migrations. Директория extensions более не нужна. Расширения ставятся через Composer и автоматически попадают в vendor. messages и migrations автоматически создаются по мере необходимости. В components нет нужды. В 2.0 можно раскладывать классы в любые директории. Они будут загружаться автоматически, если их namespace соответствует. Если вам без components не уютно, можно создать.