На абстракциях сложно понять что-же именно Вам хочется.. Но из того, что понял, никаких проблем не вижу. Если есть редактор шорткода, значит он принимает какие то атрибуты, если есть атрибуты - то функция обработчик шорткода может их извлечь и обработать так как этого Вам захочется (шорткод же Вы сами пишете? или нет?).
Если же шорткод сторонний, и его ну никак не поправить, то его можно подемнить аналогичным, но с раширенным функционалом.
Или у Вас визуальный редактор работает на фронтэнде, а не в админке вордпресса? Тогда действительно, добавление html в рендер шорткода для конечного шорткода ничего не будет значить, необходимо будет отправлять на сервер добавленный код, помечать его для какого он шорткода, и тогда уже расширять содержание поста(добавить изменения в пост/страницу и обновить это в базе) в месте этого шорткода на добавленные параметры из фронта. И при следующем отображении расширенного шорткода, он уже построится по новым параметрам.
