Добрый вечер!
Youtrack полное гавно, redmine - как выход, но не очень удобно и надежно. Jira - довольно дорого, Битрикс надо допиливать для студии - стандартный вариант не подойдет вообще. Scrumban - не удобно когда много проектов.

1) TeamLab - как работа над проектами, так и CRM система. Безумно удобная вещь с онлайн офисом (идеальный) и другими плюшками. Так же поваляет создавать "гостей" - например аутсорс работников.
2) BitBucket - бесплатный гит хостинг с трекингом задач - используем чисто в рамках команды программистов