С уточнением про повторения цифр это эквивалентно перебору комбинаций
0 0 0 0 0 0 0 0
0 0 0 0 0 0 0 1
0 0 0 0 0 0 1 0
0 0 0 0 0 0 1 1
...
1 1 1 1 1 1 1 1
(всего 256 комбинаций),
где 0 означает, что берём элемент из atoms,
1 означает, что берём элемент из dopedatoms, например
1 0 0 0 0 0 0 0 соответствует ['Mn1', 'Co2', 'Co3', 'Co4', 'Co5', 'Co6', 'Co7', 'Co8']
Так что можете сделать цикл от 0 до 255, разбивать переменную цикла на биты и по битам формировать комбинации.
В условиях не упомянуты граничные случаи 0 0 0 0 0 0 0 0 и 1 1 1 1 1 1 1 1, если они не нужны, то цикл делать от 1 до 254.
