Дело в том, что MongoDb (да и вообще NoSQL решения) не подразумевает отношений между коллекциями (таблицами в терминологии RDBMS). По этой же причине нет внешних ключей, нет транзакций (есть только атомарные операции), как правило нет четкой схемы данных.
Это та цена, которую Вы платите за легкость в горизонтальном масштабировании.

По этим причинам многие вещи обязано реализовывать и контролировать приложение. Тот же контроль внешних ключей и транзакции, например. Реализация этих вещей во многом зависит от бизнес-процессов и логики приложения. Именно поэтому нет какого-то универсального решения и рецепта.

В Вашем случае, Вы САМИ должны прописывать в contact, access поле userId. Вы САМИ должны контролировать корректность его заполнения и актуальность значений.

Все это, безусловно, можно реализовать в MongoDB. Однако, мне кажется для Вашей задачи больше подойдут Postgres, MSSQL, etc.

Советую посмотреть: https://habrahabr.ru/post/259219/ https://habrahabr.ru/post/260291/

Сам код выглядит достаточно костыльно.
Использовать new для переопределения свойств методов, стоит если это __действительно__ очень надо и никак-никак по-другому сделать нельзя.

Насколько я понимаю, PriceVm наследуется от PriceDto
Тогда, например, можно сделать вот так:

public abstract class ProductDtoBase<T> where T : PriceDto
{
    public int Id { get; set; }
    public string Name { get; set; }
    public virtual List<T> Prices { get; set; }
}

public class ProductDto : ProductDtoBase<PriceDto>
{
}

public class ProductVm : ProductDtoBase<PriceVm>
{
}