Вот вывод команды top во время синхронизации
видно что процессы mysqld и apache2 занимают где-то 6..7 % процессорного времени
PS: Странно, но проблема, похоже в ОС на клиенте. На той же windows 8.1, но под другой учетной записью, синхронизация выполняется на нормальной скорости. Буду разбираться.