Я знаю человека, который как раз работает в сфере интернет рекламы. Вот он как раз и рассказывал, что через куки всё это происходит. А когда он узнал, что я пользуюсь adblock'ом, очень расстроился. =D

Стирает значение флага, указанного в параметре:
imap_clearflag_full($mailBoxHandler, $mailNum, "\\Seen");
Мне помогает.