@FanatPHP Видимо я как то неправильно изъяснился. Ошибка в том, что функция file_exists выдает false для файлов, которые существуют на самом деле (специально прикрепил скриншот).
Спасибо. Написал в hetzner о принятых мерах, больше никто не беспокоил. К тому же так совпало, что мы переезжаем с того сервера, так что вопрос можно сказать снят.