Настраиваются они на стороне ТД, можно покопаться в настройках wpasupplicant. Я, правда, туда не залазил, так как на дугих точках ноут ведёт себя корректно. Покажите, пожалуйста вывод " lspci | grep -i net", а дальше посмотрим, что про ваш контроллер говорят.
Ещё придумал. Возможно проблемы из-за разных скорости отзывчивости ФС или из-за разницы в системных вызовах для блокировки файлов (попытайтесь вынести весь код для работы с ФС в отдельную библиотекуи переписать под API каждой ОС отдельно). Надо код смотреть.
