Судя по тому, что у меня все открылось, могу предположить, что это браузерный кеш. Попробуйте открыть страницу в хроме, открыть панель элементов и в настройках консоли разработчика установить опцию "Отключить кеш". Затем перезагрузите страницу.
А как сейчас происходить авто аплоад остальных файлов?
В нашей команде (используем SASS) решили вопрос синхронизации всего проекта на дев сервер через утилиту realsync.