А как сейчас происходить авто аплоад остальных файлов?
В нашей команде (используем SASS) решили вопрос синхронизации всего проекта на дев сервер через утилиту realsync.
@korobochkin уже пол-года используем realsync. sass компилируется через grunt, результаты прекрасно отслеживаются realsync'ом и заливается на сервер. @svistiboshka средствами среды - это FTP/SFTP соединение, настроенное в Deployment и выбрана опция "Upload changed files automaticaly"? Тогда возможно поможет отметить опцию "Upload external changes" и синхронизировать проект после сборки CSS. Если сборка не внешними инструментами (grunt, gulp), а через настроенный File Watcher в IDE, то в настройках вотчера есть поле "Output path to refresh". Там указать каталог, куда записывается скомпилированный CSS. IDE обновит этот каталог после сборки и должна залить изменения на сервер.