Ну основная проблема в том, что не тогда прибавляете 1 к счетчику, собственно об этом уже сказали.
Если хочется покороче, и попроще(чтоб не думать когда делать +1), то можно так:
n = int(input('Введите количество чисел: '))
numbers = [int(input('Введите число: ')) for i in range(n)]
print(numbers.count(0))