Алексей Степанов

Могу проконсультировать по любым вопросам связанным с Magento. Мой скайп: sagerbox.
Ваш проект мало похож на интернет-магазин, поэтому я бы очень подумал, прежде чем использовать Magento для этих целей. На Magento конечно можно реализовать данный проект? но с таким же успехом можно взять любую другую CMS. Я бы наверное вообще не использовал CMS, а реализовал бы его на базе какого-нибудь фреймворка Kohana, Yii или Zend.

Вынес на VPS(OpenVZ 1024M Ram, 2 core=2,4GHz), поднял apache+php+mysql+memcached+apc, включил внутренний кеш magento.

1024M конечно маловато для продакшена но для тестового запуска вполне достаточно.

Проблема скорее всего в модулях. и умельцах которые разрабатывали сайт.

Включите профайлер он покажет что именно тормозит.

тут важно понимать - это все таки разные организации или одна.

Как посетители должный выбирать где купить? каждый сайт имеет отдельный адрес и продвигает его самостоятельно либо сайт один и например по геоайпи определяется ближайший магазин (склад).

Маркетинг (работа с клиентами магазина) ведется централизованно либо каждый работает со своими покупателями самостоятельно.

Деньги поступают на один счет либо у каждого магазина есть свой счет?

Если у них практически все разное, кроме имени, то имеет смысл сделать типовой сайт и тиражировать для каждого франчайзи. Если задач которые делаются централизованно больше, имеет смысл слегка допилить magento, и сделать разделение прав на уровне магазинов.