Исторически в debian-овских репозиториях больше софта.
Но на сервер все равно часто собираешь пакеты сам - нужны какие-нибудь особые флаги сборки, свежие заплатки. Так что разницы особо не заметишь. Умеешь работать с rpm - ставь centos, умеешь с deb - debian.
