Можно, конечно же, но лучше сразу организовать связь один-ко-многим или многие-ко-многим. Делается через связывающую таблицу в которую заносится две (ну или другое нужное число записей) вида id_сущности_у_которой_проставлены_чекбоксы, id_чекбокса. И через join получать эти записи.
