в POP3 протоколе клиент можно указать "скачать и удалить" или "просто скачать". Зависит от клиента, сам протокол это поддерживает изначально.
Также на стороне сервера можно настроить удаление устаревших писем, даже если они не скачаны.
Но нужно понимать, что IMAP позволяет выполнять именно синхронизацию, таким образом прочитанное письмо помечается как прочитанное везде. А в POP3, если письма не удалять на сервере, каждый клиент будет качать свою независимую копию, и удалять письма в каждом клиенте нужно будет независимо.
