Такое как вам надо было в Zend'е раньше (давно уже не пользуюсь)
В том же шторме создавайте пустой проект, настраивайте отдельно фтп, ставьте галочку, чтобы при сохранении заливал на фтп и редактируйте без скачивания всего проекта.
Но плюшки в виде переходов по ctrl+click и find usages вам тогда, конечно, станут недоступны.